建文三年(1401)二月十六日，朱棣率燕師南下。二十日，燕軍進抵保定，朱棣向諸將分析形勢，認為野戰容易，攻城艱難，如今盛庸合諸軍二十萬駐在德州，吳杰、平安駐在真定，我軍若屯兵城下，他們必然合力援攻。堅城在前，強敵在后，此為危道。真定與德州相距二百余里，我軍介于兩城之中，可以誘敵出戰，各個擊破。于是，燕軍東出移師紫圍八方。三月初一日，燕軍在滹沱河沿岸扎營，同時，派游騎為疑兵前往定州、真定，迷惑平安、吳杰，阻延其出師時間，以集中力量對付盛庸。二十日，盛庸率軍進扎于武邑縣南的夾河。次日燕軍也開進于此，兩軍相距僅四十里。

東昌之敗之后，朱棣以此為恥，與道衍和尚姚廣孝商議對策。道衍強烈支持朱棣再次出兵。于是于建文三年(1401年)二月初九日，朱棣祭陣亡將士，并脫下袍子燒掉，激勵軍士。二月十六日，朱棣再次出師。當時盛庸駐兵二十萬于山東德州，吳杰、平安駐扎在真定。朱棣決定趁南軍兩軍分隔，先破盛庸一部。三月二十日，燕軍探知盛庸在夾河(今河北省衡水市武邑縣附近，漳河支流)駐扎，于是駐扎在距對方四十里的地方。

三月二十二日，燕軍進兵夾河。盛庸仍結下堅陣，備大量火槍強弩。朱棣利用建文帝嚴禁傷害燕王之旨，親自率幾個輕騎兵掠過南軍陣地偵查。盛庸不敢開槍，只得派出自己的騎兵追趕朱棣，不了了之。偵查后，朱棣率領一萬騎兵和五千步兵攻擊盛庸軍左翼，不能入。此時燕將譚淵望見已經開戰，于是主動出兵攻打。盛庸部將莊得死戰，會合盛庸軍，斬殺譚淵。朱棣、朱能等則趁南軍調動產生的混亂，趁暮色向南軍后方猛攻，斬殺莊得。盛庸穩住了陣腳，天色已晚，雙方罷兵。此戰殺傷相當，但燕軍損失了大將譚淵。

當夜，朱棣率領十余人在盛庸營地附近露宿;三月二十三日清晨，朱棣發現被南軍包圍。朱棣再次利用禁殺之旨，引馬鳴角，穿過敵軍，揚長而去。南軍愕然，不敢射箭。]朱棣回到營中，鼓勵眾將“兩軍相當，將勇者勝”，于是燕軍在東北方向，盛庸軍在西南方向，再次會戰。燕軍左右沖擊，盛庸堅守，雙方互有勝負。戰斗打了三四個時辰后，突然刮起了強烈的東北風，塵埃蔽天。南軍頂著風沙，根本沒法作戰;燕軍則乘風大呼，縱左右翼橫擊之，盛庸大敗，損失了數萬人后，退回德州。吳杰、平安引兵準備會合盛庸，聞庸已敗，退回真定。夾河之戰結束。夾河之戰重新確立了燕軍的優勢。閏三月初四，建文帝因夾河之敗，再次罷免齊泰、黃子澄，謫出京城，暗中令其募兵。

擊敗盛庸后，朱棣進軍真定。考慮到攻城較困難，決定誘敵出戰。于是下令軍中四出取糧，而用間諜向吳杰等透露此事。吳杰等見狀，決定襲擊燕軍。閏三月初九，兩軍會于藳城，遂交戰。南軍列方陣，朱棣則率精銳攻其東北角以破陣。燕將薛祿由于馬失足被擒，但奪敵刀斬數人后，奪馬逃走。此戰大量燕軍被南軍的火槍和弓弩所傷，朱棣的帥旗被射得像刺猬一樣;但是，由于朱允炆的禁殺之旨，朱棣本人反而沒事。

次日，兩軍再次交戰。在戰斗中突然又刮起了猛烈的大風，南軍不能支，大敗而去。燕軍四面圍攻，斬首六萬余級。吳杰、平安等逃回真定，堅守不出。朱棣將射成刺猬的軍旗送回北平，令世子朱高熾妥善保存，以警示后人。從白溝河、夾河到藳城，燕軍三次得大風相助而勝，朱棣認為這是天命所在，非人力所能為。

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